El Decreto 4803 de 2011 ordenó la creación de la Dirección del Museo de Memoria, cuyo mandato principal es «diseñar, crear y administrar, bajo las directrices del Consejo Directivo y del director general, el Museo de Memoria, procurando conjugar esfuerzos del sector privado, la sociedad civil, la cooperación internacional y el Estado». Otras de las funciones asignadas son:

• Convocar a las víctimas, expertos, entidades territoriales, organizaciones no gubernamentales e instituciones nacionales e internacionales, a fin de establecer los criterios, componentes y elementos del Museo de Memoria.
• Dirigir y realizar acciones destinadas a motivar, promover y garantizar la participación en la construcción y gestión del Museo de Memoria, de los grupos vulnerables, étnicos, de género, grupos políticos y demás formas de organización de las víctimas que han sido objeto de persecución en el marco del conflicto interno.
• Realizar exhibiciones o muestras, eventos de difusión y de concientización sobre el valor de los derechos humanos y del derecho internacional humanitario.
• Acopiar productos museográficos relacionados con procesos de memoria histórica a través de los cuales se visibilicen diversos actores de la sociedad.

A estas funciones se suman las demás contenidas en el artículo 13 del Decreto 4803 de 2011