Entre las funciones de la Dirección General del CNMH están:
- Dirigir, coordinar, controlar y evaluar las políticas, planes, programas y proyectos, y ordenar los gastos, dictar los actos, realizar las operaciones y celebrar los contratos necesarios para el cumplimiento de los objetivos y funciones del Centro de Memoria Histórica.
- Dirigir y controlar los planes y programas destinados a motivar, promover y garantizar la participación en la gestión de los objetivos y procesos misionales de los grupos vulnerables, étnicos, género, grupos políticos y demás formas de organización de las víctimas que han sido objeto de persecución en el marco del conflicto interno.
- Dirigir y controlar el diseño, creación y administración del Museo Nacional de la Memoria, fomentando la participación del sector privado y de la cooperación internacional, y adoptar los lineamientos de contenido y forma de presentación con la asesoría técnica del Museo Nacional de Colombia.
- Presentar al Consejo Directivo los planes de inversión, programas y el anteproyecto de presupuesto, así como los avances y resultados en la ejecución de los mismos.
- Participar en sociedades o asociaciones que se creen y organicen para el mejor cumplimiento de su objeto, objetivos y funciones, de acuerdo con la autorización que imparta el Consejo Directivo.
A estas funciones se suman las demás contenidas en el Artículo 9 del Decreto 4803 de 2011.