La masacre ocasionó el desplazamiento de 5.771 personas a Quibdó.
El 2 de mayo de 2002, aproximadamente 80 personas murieron (entre ellos 48 menores) luego de que guerrilleros de las FARC lanzaran un cilindro bomba, durante un enfrentamiento con paramilitares de las AUC, contra la iglesia de Bellavista (casco urbano del municipio de Bojayá) en donde la población se refugiaba.
Este hecho representa un hito en la larga cadena de violencia que ha vivido nuestro país, a la vez que es un punto culmen de la degradación del conflicto armado que aún padecen las comunidades afrodescendientes e indígenas del medio Atrato y del departamento de Chocó. Esta acción violenta evidenció la violación de todas las normas del Derecho Internacional Humanitario por parte de los grupos armados, así como las fallas del Estado colombiano en su obligación de velar por la integridad de esta comunidad.
Memoria Histórica (MH) presentó públicamente este informe el 24 de septiembre de 2010, durante la III Semana por la Memoria, en la sede del Archivo General de la Nación en Bogotá; y en los lanzamientos regionales realizados el 18 y 19 de noviembre de 2010 en Bellavista-Bojayá (Chocó) y Quibdó (Chocó), respectivamente.
Como apoyo a esta investigación MH presentó el documental Bojayá: La guerra sin límites, cuyo estreno se llevó a cabo durante la III Semana por la Memoria (jueves 23 de septiembre) y fue proyectado también durante los lanzamientos regionales.